Paris, 1355. Un sorcier juif est brûlé vif en place publique. Nicolas Flamel assiste à l'exécution avant d'être mandé par l'Inquisition pour consigner les aveux de la fille du criminel, soumise à la question.

Paris, 2007. Deux crimes sont perpétrés au cours d'une cérémonie d'initiation maçonnique. Pour le commissaire Antoine Marcas, aucun doute, l'assassin est un franc-maçon...